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COL1A2
collagen type I alpha 2 chain

The human orthologue of this gene is associated
with the following human diseases:

Gene

Official Symbol	COL1A2
Official Full Name	collagen type I alpha 2 chain
CGNC ID	49716
also known as	COLA, collagen alpha-2(I) chain\|alpha 2(I) collagen\|alpha-2 type I collagen\|alpha-2(1) collagen\|collagen a2\|collagen alpha-2\|collagen, type I, alpha 2\|precollagen alpha-2
gene type	protein-coding

Genomic Map

	Ensembl
	NCBI
	UCSC

Sequence Information

Genomic
RNA	NM_001079714
Polypeptide	NP_001073182

Gene Expression

In Situ Hybridization

GEISHA

Orthology

	Entrez Gene	Ensembl Gene	Genetic Phenotypes	MOD
Fruit Fly
Human	1278	ENSG00000164692	MIM:225320	MIM:120160
Mouse	12843	ENSMUSG00000029661	All phenotypic alleles (4):Spontaneous(1) Targeted, other(3)	MGI:88468
Xenopus	780175, 380419			493263
Zebrafish	336471	ENSDARG00000020007	ZDB-GENE-030131-8415	ZFIN:ZDB-GENE-030131-8415

Gene Ontology

Molecular Function	extracellular matrix structural constituent, metal ion binding
Biological Process
Cellular Component	fibrillar collagen

Links to other databases

Entrez Gene	396243
Ensembl Gene	ENSGALG00000009641
KEGG	gga:396243

Entry 1

GEISHA Id	ColI.Conen.2009	Data Source	Publication
Complete cDNA Template Probe	show GACCCTCCTGCGGTATAAATACGGCGGAGCGGGGCTTGATTAATTTAGCATCCCGGGCAGCAGGTTTCTGCTAAGTTTG GAGTTACTCCTCGCGACTGTATGCCTGCGTCCTGCAGGTAATAGCCAACCACGTCCGGGGGCTCTGCAACACAAGGAGT CTGCATGTCTAGCAAGTAGACATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGATTTTGTTGCTGCTCGCAGTAACTTCATACCTAG CAACAAGCCAACATGTGAGTGAGGCATCTGCAGGGCGGAAGGGCCCTAGAGGAGACAAAGGGCCACAGGGAGAAAGGGG TCCACCAGGTCCACCAGGCAGAGATGGTGAAGACGGTCCACCAGGTCCTCCAGGCCCCCCTGGTCCTCCAGGTCTTGGC GGAAATTTTGCTGCTCAGTATGATCCATCTAAAGCGGCTGACTTTGGCCCCGGACCTATGGGTTTAATGGGACCTAGAG GCCCACCTGGAGCATCTGGACCTCCTGGCCCTCCTGGGTTTCAAGGTGTTCCTGGTGAGCCTGGTGAACCTGGTCAAAC AGGTCCCCAAGGTCCTCGTGGTCCCCCTGGTCCTCCAGGAAAGGCTGGTGAAGATGGTCACCCTGGCAAACCTGGAAGA CCTGGTGAGAGGGGTGTTGCTGGTCCTCAAGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGTCTGCCTGGCTTTAAGGGAA TTAGGGGACACAATGGTCTGGATGGTCAGAAGGGACAACCTGGTACTCCTGGCACCAAGGGAGAACCTGGTGCCCCTGG TGAAAATGGTACCCCAGGACAACCTGGTGCTCGCGGTCTCCCTGGTGAGAGAGGAAGAATAGGTGCCCCTGGACCAGCT GGTGCTCGTGGGAGTGATGGCAGCGCTGGCCCCACTGGACCTGCAGGCCCCATTGGTGCTGCTGGTCCTCCAGGCTTCC CAGGTGCTCCTGGTGCTAAGGGTGAAATCGGACCTGCTGGTAATGTTGGCCCTACTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGAGA GATTGGACTTCCTGGTTCCAGTGGTCCTGTTGGCCCTCCCGGCAACCCTGGTGCTAATGGTCTTCCTGGGGCTAAAGGT GCAGCTGGTCTTCCTGGTGTTGCTGGTGCTCCTGGTCTGCCTGGGCCCCGTGGTATTCCTGGTCCTCCTGGCCCTGCTG GTCCAAGTGGTGCTAGGGGACTTGTTGGTGAACCAGGCCCTGCTGGTGCCAAGGGAGAAAGTGGTAACAAGGGTGAGCC TGGTGCTGCTGGCCCCCCTGGCCCTCCTGGTCCAAGTGGTGAGGAAGGCAAGAGAGGCAGCAATGGTGAACCTGGCTCT GCTGGTCCCCCTGGCCCTGCTGGTCTAAGAGGCGTGCCTGGATCTCGTGGTCTCCCTGGAGCTGATGGCAGAGCTGGTG TCATGGGACCTGCTGGTAACCGTGGTGCTAGTGGTCCTGTTGGTGCTAAGGGTCCTAATGGTGATGCTGGCCGTCCTGG TGAGCCTGGTCTTATGGGTCCAAGAGGTCTCCCAGGTCAACCTGGAAGCCCAGGTCCTGCTGGCAAAGAAGGTCCTGTT GGTTTCCCTGGAGCAGATGGTAGGGTTGGGCCAATCGGTCCAGCTGGTAATAGAGGTGAACCTGGCAACATTGGATTCC CTGGACCAAAAGGTCCCACTGGTGAGCCTGGCAAACCTGGTGAAAAAGGCAATGTTGGTCTTGCTGGCCCACGGGGTGC TCCTGGTCCTGAGGGAAACAACGGTGCTCAAGGTCCTCCTGGTGTCACTGGCAACCAAGGTGCAAAGGGTGAAACAGGT CCTGCTGGCCCTCCTGGCTTCCAGGGTCTGCCAGGTCCCTCCGGTCCAGCTGGTGAAGCTGGCAAACCAGGCGAAAGGG GTCTCCATGGTGAATTTGGTGTCCCTGGTCCTGCTGGCCCAAGGGGCGAGCGTGGTCTTCCTGGTGAAAGCGGTGCTGT TGGTCCTGCTGGTCCTATTGGAAGCCGTGGTCCATCTGGCCCACCAGGCCCTGATGGTAACAAGGGTGAGCCTGGTAAT GTCGGTCCTGCTGGTGCTCCTGGTCCCGCTGGGCCTGGTGGAATCCCAGGAGAGAGAGGTGTTGCAGGTGTTCCAGGAG GCAAGGGTGAGAAGGGTGCCCCAGGTCTGAGAGGTGACACTGGTGCAACAGGAAGAGATGGTGCCCGTGGTCTTCCTGG TGCTATTGGTGCTCCTGGCCCTGCTGGTGGTGCTGGTGATCGGGGTGAAGGAGGTCCTGCTGGTCCCGCTGGTCCTGCT GGTGCCCGTGGTATTCCTGGTGAACGTGGTGAGCCTGGTCCTGTAGGTCCTAGTGGATTTGCTGGACCTCCTGGTGCAG CTGGTCAGCCTGGTGCTAAAGGCGAGCGTGGCCCTAAGGGACCAAAGGGTGAAACAGGACCAACAGGTGCTATTGGGCC AATTGGTGCTTCTGGACCACCAGGTCCCGTTGGTGCTGCTGGTCCTGCTGGCCCTCGTGGTGATGCTGGTCCTCCTGGC ATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGAAGAGTCGGTCCTCCAGGCCCTGCTGGCATCACTGGTCCCCCTGGTCCTCCTG GCCCAGCTGGCAAAGATGGTCCTAGAGGTCTGCGTGGTGATGTTGGTCCAGTCGGCCGTACTGGTGAACAGGGTATTGC TGGCCCACCTGGTTTTGCTGGTGAGAAAGGTCCATCTGGAGAGGCTGGTGCTGCTGGTCCTCCCGGTACCCCAGGTCCT CAGGGTATTCTTGGTGCTCCTGGTATCCTTGGTCTGCCTGGCTCTCGGGGAGAACGTGGTCTTCCAGGCATTGCTGGAG 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ATATTCCCACTAAGACCTGGTATGTCAGCAAGAACCCCAAGGACAAAAAGCACATATGGTTCGGTGAAACTATCAATGG TGGTACTCAGTTTGAATACAATGGTGAAGGTGTGACCACAAAGGACATGGCCACCCAACTTGCTTTCATGCGTCTGCTG GCCAACCATGCCTCTCAGAACATCACCTACCACTGCAAGAACAGCATTGCCTACATGGATGAGGAGACTGGAAACCTTA AAAAGGCTGTTATACTCCAGGGATCCAATGATGTTGAACTACGAGCTGAAGGCAACAGCAGATTCACTTTCAGTGTTCT TGTGGATGGCTGCTCTAAAAAGAACAACAAATGGGGCAAAACGATCATTGAGTACAGAACAAATAAGCCGTCTCGCTTG CCCATCCTTGACATTGCACCTTTGGACATTGGTGGCGCTGACCAAGAATTCGGTTTGCACATTGGCCCAGTCTGTTTCA AATGAATGAACTAAAATTAACTTAAAGGCCCCCCCCTCAGAATTATTCTTTGTCATTTCTTTTTGTAATGAGAGCTGAC TCCTTCCATTTTTTTTCTGTTCATCTACTTGCTTAAACTCTGGGCGAAAGAGAAGGAGAAGAATTGATTGGAGCATTGT GCAATGAAATTTAATACAGCCCCAAAAGGACTTGGAAGTCTTTCAAGATTTAACACCTTGCTTTGGGAAATGTCAACCT TTGTAAAGAAAAAAAACCAAAAAAAAAAAACCAAAAAAATAAAATAAAAAATGATGAAAGTTTGCACCACTTGTGGCCT TTGACTATCTTCCACAGAGGAAGTTTAAAACCACGACTTCCAAAGGTTTAAACTACCTCATACACTAAACCAAGTGTGA TCCACATCCTTTGTAGGCATTTCTCCATATCATATGAGTTACTTTCAGTTCCACTCAGAATATAGTGGTGCTAATTTCA TATTCCAGAGTGTGTTTCCAATACTTGAATTTTGATGGTGCTAGCAGCAGTTAAAGTATTACTTCTCTGTTTCTTTGAA ATCTATCTCATCCCCAGCTTAAGCATGTGGATCATTTTTCCTCATCTTTTTCTTCTTCCTCCAAAATCAGGTGTTTCTG CTTCCAAATCTCATTTTCATCTTCTCCAACGGATAAAAAAGAATCATCATTTCTCAAAAGAAAAAAAAAGAAAATGTAT TTTGTATATGTGAGATGTTTAAATAAATTGTGAAAAGAAAAAAAAATAAAGCATGTCCAGTGTTCCAAAAGAAG
Citation	Conen KL, Nishimori S, Provot S, Kronenberg HM. The transcriptional cofactor Lbh regulates angiogenesis and endochondral bone formation during fetal bone development. Dev Biol. 2009 Sep 15;333(2):348-58. Epub 2009 Jul 14.
Copyright	Copyright © 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
Comments	As insufficient information is provided in publication to verify exact sequence used to synthesize probe, the sequence below was obtained from NCBI (acc # NM_001079714 ).

Stage

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Location (click to highlight)

Comments (click to highlight)

1-3

stage 1

31-36

stage 36

Wing Bones

Entry 2

GEISHA Id	COLALPHA2.Bandyopadhyay.2008	Data Source	Publication
Complete cDNA Template Probe	show GACCCTCCTGCGGTATAAATACGGCGGAGCGGGGCTTGATTAATTTAGCATCCCGGGCAGCAGGTTTCTGCTAAGTTTG GAGTTACTCCTCGCGACTGTATGCCTGCGTCCTGCAGGTAATAGCCAACCACGTCCGGGGGCTCTGCAACACAAGGAGT CTGCATGTCTAGCAAGTAGACATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGATTTTGTTGCTGCTCGCAGTAACTTCATACCTAG CAACAAGCCAACATGTGAGTGAGGCATCTGCAGGGCGGAAGGGCCCTAGAGGAGACAAAGGGCCACAGGGAGAAAGGGG TCCACCAGGTCCACCAGGCAGAGATGGTGAAGACGGTCCACCAGGTCCTCCAGGCCCCCCTGGTCCTCCAGGTCTTGGC GGAAATTTTGCTGCTCAGTATGATCCATCTAAAGCGGCTGACTTTGGCCCCGGACCTATGGGTTTAATGGGACCTAGAG GCCCACCTGGAGCATCTGGACCTCCTGGCCCTCCTGGGTTTCAAGGTGTTCCTGGTGAGCCTGGTGAACCTGGTCAAAC AGGTCCCCAAGGTCCTCGTGGTCCCCCTGGTCCTCCAGGAAAGGCTGGTGAAGATGGTCACCCTGGCAAACCTGGAAGA CCTGGTGAGAGGGGTGTTGCTGGTCCTCAAGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGTCTGCCTGGCTTTAAGGGAA TTAGGGGACACAATGGTCTGGATGGTCAGAAGGGACAACCTGGTACTCCTGGCACCAAGGGAGAACCTGGTGCCCCTGG TGAAAATGGTACCCCAGGACAACCTGGTGCTCGCGGTCTCCCTGGTGAGAGAGGAAGAATAGGTGCCCCTGGACCAGCT GGTGCTCGTGGGAGTGATGGCAGCGCTGGCCCCACTGGACCTGCAGGCCCCATTGGTGCTGCTGGTCCTCCAGGCTTCC CAGGTGCTCCTGGTGCTAAGGGTGAAATCGGACCTGCTGGTAATGTTGGCCCTACTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGAGA GATTGGACTTCCTGGTTCCAGTGGTCCTGTTGGCCCTCCCGGCAACCCTGGTGCTAATGGTCTTCCTGGGGCTAAAGGT GCAGCTGGTCTTCCTGGTGTTGCTGGTGCTCCTGGTCTGCCTGGGCCCCGTGGTATTCCTGGTCCTCCTGGCCCTGCTG GTCCAAGTGGTGCTAGGGGACTTGTTGGTGAACCAGGCCCTGCTGGTGCCAAGGGAGAAAGTGGTAACAAGGGTGAGCC TGGTGCTGCTGGCCCCCCTGGCCCTCCTGGTCCAAGTGGTGAGGAAGGCAAGAGAGGCAGCAATGGTGAACCTGGCTCT GCTGGTCCCCCTGGCCCTGCTGGTCTAAGAGGCGTGCCTGGATCTCGTGGTCTCCCTGGAGCTGATGGCAGAGCTGGTG TCATGGGACCTGCTGGTAACCGTGGTGCTAGTGGTCCTGTTGGTGCTAAGGGTCCTAATGGTGATGCTGGCCGTCCTGG TGAGCCTGGTCTTATGGGTCCAAGAGGTCTCCCAGGTCAACCTGGAAGCCCAGGTCCTGCTGGCAAAGAAGGTCCTGTT GGTTTCCCTGGAGCAGATGGTAGGGTTGGGCCAATCGGTCCAGCTGGTAATAGAGGTGAACCTGGCAACATTGGATTCC CTGGACCAAAAGGTCCCACTGGTGAGCCTGGCAAACCTGGTGAAAAAGGCAATGTTGGTCTTGCTGGCCCACGGGGTGC TCCTGGTCCTGAGGGAAACAACGGTGCTCAAGGTCCTCCTGGTGTCACTGGCAACCAAGGTGCAAAGGGTGAAACAGGT CCTGCTGGCCCTCCTGGCTTCCAGGGTCTGCCAGGTCCCTCCGGTCCAGCTGGTGAAGCTGGCAAACCAGGCGAAAGGG GTCTCCATGGTGAATTTGGTGTCCCTGGTCCTGCTGGCCCAAGGGGCGAGCGTGGTCTTCCTGGTGAAAGCGGTGCTGT TGGTCCTGCTGGTCCTATTGGAAGCCGTGGTCCATCTGGCCCACCAGGCCCTGATGGTAACAAGGGTGAGCCTGGTAAT GTCGGTCCTGCTGGTGCTCCTGGTCCCGCTGGGCCTGGTGGAATCCCAGGAGAGAGAGGTGTTGCAGGTGTTCCAGGAG GCAAGGGTGAGAAGGGTGCCCCAGGTCTGAGAGGTGACACTGGTGCAACAGGAAGAGATGGTGCCCGTGGTCTTCCTGG TGCTATTGGTGCTCCTGGCCCTGCTGGTGGTGCTGGTGATCGGGGTGAAGGAGGTCCTGCTGGTCCCGCTGGTCCTGCT GGTGCCCGTGGTATTCCTGGTGAACGTGGTGAGCCTGGTCCTGTAGGTCCTAGTGGATTTGCTGGACCTCCTGGTGCAG CTGGTCAGCCTGGTGCTAAAGGCGAGCGTGGCCCTAAGGGACCAAAGGGTGAAACAGGACCAACAGGTGCTATTGGGCC AATTGGTGCTTCTGGACCACCAGGTCCCGTTGGTGCTGCTGGTCCTGCTGGCCCTCGTGGTGATGCTGGTCCTCCTGGC ATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGAAGAGTCGGTCCTCCAGGCCCTGCTGGCATCACTGGTCCCCCTGGTCCTCCTG GCCCAGCTGGCAAAGATGGTCCTAGAGGTCTGCGTGGTGATGTTGGTCCAGTCGGCCGTACTGGTGAACAGGGTATTGC TGGCCCACCTGGTTTTGCTGGTGAGAAAGGTCCATCTGGAGAGGCTGGTGCTGCTGGTCCTCCCGGTACCCCAGGTCCT CAGGGTATTCTTGGTGCTCCTGGTATCCTTGGTCTGCCTGGCTCTCGGGGAGAACGTGGTCTTCCAGGCATTGCTGGAG CAACAGGTGAACCTGGTCCTCTGGGTGTTTCTGGTCCTCCTGGTGCTCGTGGTCCCTCTGGTCCTGTGGGTTCTCCTGG TCCTAATGGTGCTCCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAATCCTGGAAATGATGGTCCTCCAGGCCGTGATGGTGCTCCT GGCTTCAAGGGTGAGCGTGGTGCTCCTGGTAACCCAGGTCCCAGTGGTGCTTTGGGTGCTCCTGGTCCTCATGGCCAAG TTGGTCCTTCTGGAAAGCCTGGAAACCGTGGTGATCCTGGTCCTGTTGGTCCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTTTTGGCCC AAGAGGTCTCGCTGGCCCACAAGGTCCACGTGGTGAGAAAGGTGAACCTGGTGATAAGGGACATAGAGGTCTGCCTGGC CTGAAGGGACACAATGGATTGCAGGGTCTTCCTGGTCTTGCTGGCCAACATGGTGATCAAGGTCCTCCTGGTAACAACG GTCCTGCTGGCCCAAGGGGTCCTCCTGGTCCTTCTGGTCCTCCTGGTAAGGATGGTCGCAATGGTCTCCCTGGACCCAT TGGCCCTGCTGGTGTACGTGGATCTCATGGTAGCCAAGGCCCTGCTGGCCCTCCTGGCCCTCCTGGTCCCCCTGGCCCC CCTGGTCCCAATGGTGGCGGATATGAAGTTGGCTTTGATGCAGAATACTACCGGGCTGATCAGCCTTCTCTCAGACCCA AGGATTATGAAGTTGATGCCACTCTGAAAACATTGAACAACCAAATTGAGACCCTGCTGACCCCAGAAGGCTCCAAAAA GAACCCGGCTCGCACCTGCCGTGACCTCAGACTTAGCCACCCAGAATGGAGCAGCGGTTTCTACTGGATTGATCCCAAC CAAGGCTGCACTGCAGATGCCATTAGAGCCTACTGTGACTTTGCTACTGGTGAGACTTGCATCCATGCTAGCCTTGAAG 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Citation	Bandyopadhyay A, Kubilus JK, Crochiere ML, Linsenmayer TF, Tabin CJ. Identification of unique molecular subdomains in the perichondrium and periosteum and their role in regulating gene expression in the underlying chondrocytes. Dev Biol. 2008 Sep 1;321(1):162-74. doi: 10.1016/j.ydbio.2008.06.012. Epub 2008 Jun 16.
Copyright	Copyright © 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
Comments	As insufficient information is provided in publication to verify exact sequence used to synthesize probe, the sequence below was obtained from NCBI NM_001079714.2